Bodemuseet blev indviet i 1904 med navnet Kaiser Friedrich-Museum til ære for kejser Friedrich den III. I 1956 fik museet så navn efter sin første museumsdirektør (Wilhelm von Bode), som var kendt for sine kreative udstillinger, hvor han blandede udstillingsgenstande og historiske perioder og opsatte montrer med sine personlige temaer.
Bygningen blev designet af Ernst von Ihne og ser ud til at komme direkte fra floden Spree. Den blev stærkt beskadiget under krigen, og det tog mange år at få den tilbage til sin oprindelige skønhed. En seriøs renovering startede i 1997 og fortsatte langt ind i det nye årtusinde. I dag byder museets skulptursamling på store kunstværker fra den kristne øst, skulpturer og værker fra middelalderen, kunst fra den italienske gotik og den tidlige renæssance, for blot at nævne nogle få af museets udstillinger.
En numismatisk samling blev åbnet for offentligheden i 2004, på 100-årsdagen for museets indvielse, og er den dag i dag en af verdens største og mest kendte møntsamlinger.
